我市卫生部门大力推进创建“卫生村”活动，取得显著成效。目前，我市已建成99个省级卫生村（社区），占全省已命名省级卫生村（社区）总数的25.8%，居全省各地市之首。
近年来，我市积极通过翻建新建、新村建设、整村连片改造、扶贫开发等方式，推进了农村改厕工作的深入开展，近5年来全市改造、新增农村无害化卫生户厕22万多户（个），目前全市已拥有无害化卫生户厕1344万户，普及率高达89.4%，已连续三年居全省前列。在2013年全市爱国卫生工作会上，南安市码头镇码头村等28个“福建省省级卫生村”和泉港区山腰街道锦祥社区等3个“福建省省级卫生村社区”受到表彰。今年又有8个县（市）所属的40个村积极开展创建工作并已向市爱卫办提出验收申请。
卫生部门借力泉州市“美丽乡村”建设工作，把创建“卫生村”作为优化农村人居环境一个重要举措来抓，提出了5年内在全市新创建100个以上省级卫生村和2016年全市省级卫生村（社区）总数达到170个的总体目标，并明确要求每年要完成20-30个省级卫生村创建任务。力争同期5年内全市行政村卫生所规范化建设达标率和一体化管理率双双达95%，人均基本公共卫生服务经费标准提高到40元以上。据了解，目前全市2059家行政村所在地卫生所已提前全部实施药品零差率销售，并全部实行一体化管理。人均基本公共卫生服务经费提高到30元，疾控、卫监、妇幼、精神等专业公共卫生机构对基本公共卫生服务项目培训、指导和督促职能进一步得到强化。