手术室是妇幼保健院重要的科室。是目前泉州地区环境最规范、设备最先进、无菌条件最合格的。配套护理技术队伍力量雄厚的科室。现各手术间拥有欧美进口的手术无影灯、手术床、手术电刀、氩气刀以及配套精良的手术器械，整个手术室安装了先进的背景音乐系统，这在国内是领先的，该系统能使患者的大脑在手术麻醉过程中接受优美的音乐治疗，也能让医护人员避免过度的紧张。所有手术室护理人员均派往国内最先进的“上海中美儿童医学中心”进行进修学习。在护士长的带领下一批优秀的护理人员在国内专业期刊上发表学术论文数篇，已熟练地配合了多台国内高难度的手术。全体护理人员正以安全、快速、热情服务于患者。